По размеру гумбольдтов пингвин сходен с магелановым; достигает длины 70 см и веса около 4 кг. Внешность обоих видов также схожа, за исключением того, что у гумбольдтова пингвина одна, а не две белые полосы, идущих через горло. Окраска самок сходна с таковой самцов, но они немного меньше.