Длина тела взрослой капибары достигает 1—1,35 м, высота в холке — 50—60 см. Самцы весят 34—63 кг, а самки — 36—65,5 кг. Самки, как правило, крупнее самцов. Внешне капибара напоминает гигантскую большеголовую морскую свинку. Голова крупная, массивная с широкой, тупой мордой. Верхняя губа толстая. Уши короткие, округлые. Ноздри широко расставлены. Глаза маленькие, расположены высоко на голове и отнесены несколько назад. Хвост рудиментарный. Конечности довольно короткие; передние — 4-палые (пальцев было шесть), задние — 3-палые. Пальцы соединены небольшими плавательными перепонками и снабжены короткими сильными когтями. Тело покрыто длинными (30—120 мм) и жёсткими волосами; подшёрсток отсутствует.